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藥明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 宣布在《自然》子刊《Nature Genetics》上發(fā)表創(chuàng)新型研究論文，結(jié)果證明可提供一種潛在的新穎方法診斷慢性病毒感染。

▲藥明康德合作伙伴 Adaptive Biotechnologies 在《Nature Genetics》上發(fā)表論文，介紹診斷病毒感染的新方法（圖片來源：《Nature Genetics》）

Adaptive Biotechnologies 是高通量測序領(lǐng)域的先驅(qū)性公司和領(lǐng)軍企業(yè)之一，其專長于結(jié)合生物信息學(xué)來鑒定分析 T 細(xì)胞和 B 細(xì)胞受體。這家公司的 immunoSEQ 平臺(tái)幫助科研人員在腫瘤學(xué)、自身免疫疾病、傳染病和基礎(chǔ)免疫學(xué)等領(lǐng)域展開前沿研究。以服務(wù)或試劑盒形式，immunoSEQ 測定方法可以高度精細(xì)地從單個(gè)樣品中鑒定分析數(shù)百萬個(gè) T 細(xì)胞和 B 細(xì)胞受體。該 immunoSEQ 平臺(tái)分析工具可提供定量、可重復(fù)的測序結(jié)果，加上其強(qiáng)大的訪問功能以及易于使用的特性，Adaptive 免疫測序平臺(tái)的準(zhǔn)確性和靈敏度優(yōu)勢已經(jīng)逐步入駐世界各地的實(shí)驗(yàn)室，推動(dòng)癌癥和其他免疫介導(dǎo)疾病的突破性研究；同時(shí)，該公司也將免疫測序發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)化為臨床診斷和治療手段，以改善患者的護(hù)理水平。

▲Adaptive 結(jié)合生物信息學(xué)鑒定免疫細(xì)胞受體分析（圖片來源：Adaptive 官網(wǎng)）

這篇題為“Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire”的文章正是描述了 Adaptive 的計(jì)算生物學(xué)家如何使用該公司的 immunoSEQ 平臺(tái)和數(shù)據(jù)集，通過免疫測序手段來確定分析 T 細(xì)胞受體譜系，最終用于診斷人類巨細(xì)胞病毒（CMV）感染的暴露狀態(tài)。

Adaptive 的這項(xiàng)研究是由 Fred Hutchinson 癌癥研究中心部分資助的。研究共同作者選擇了 CMV 進(jìn)行原理驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)，這是因?yàn)樵摷膊〖s占成年人慢性病毒感染的 30%?90%，并被廣泛研究后建立成為公眾人群 T 細(xì)胞應(yīng)答的模型系統(tǒng)。使用公共數(shù)據(jù)，Adaptive 的研究團(tuán)隊(duì)分析了 666 名受試者核心隊(duì)列的 T 細(xì)胞受體全譜系，以及另外 120 名受試者的獨(dú)立驗(yàn)證隊(duì)列。研究小組制定了一個(gè)統(tǒng)計(jì)計(jì)算框架，通過 CMV 感染狀態(tài)對(duì)受試者進(jìn)行分類，然后高精度確認(rèn)了免疫測序方法可被用于診斷 CMV 的感染狀態(tài)。此外，該團(tuán)隊(duì)使用這種方法證明它在預(yù)測受試者的人類白細(xì)胞抗原（HLA）等位基因方面也表現(xiàn)良好，表明該方法可用于識(shí)別暴露于其他病原體的生物標(biāo)志，甚至疫苗接種狀態(tài)。

▲Adaptive 的聯(lián)合創(chuàng)始人兼創(chuàng)新主管 Harlan Robins 博士（圖片來源：Adaptive 官網(wǎng)）

Adaptive Biotechnologies 的聯(lián)合創(chuàng)始人兼創(chuàng)新主管 Harlan Robins 博士說道：“我們認(rèn)為通過讀取 T 細(xì)胞記憶來推斷病原體暴露歷史的方法具有令人興奮的潛力。這是一個(gè)重要步驟，我們旨在將免疫測序驗(yàn)證為針對(duì)各種慢性病毒感染的高敏感度、高特異性和高效益的診斷方法�！�

參考資料：

[1] Adaptive Biotech Publishes Ground-Breaking Proof-Of-Principle Experiment In Nature Genetics

[2] Immunosequencing identifies signatures of cytomegalovirus exposure history and HLA-mediated effects on the T cell repertoire