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近日， 南方科技大學(xué)副教授賀建奎課題組發(fā)布最新研究成果《單細(xì)胞基因組擴(kuò)增法的定量評(píng)估以及其在檢測(cè)單個(gè)海馬神經(jīng)元基因拷貝數(shù)變異的應(yīng)用》（Quantitative assessment of singlecell whole genome amplification methods for detecting copy number variation using hippocampal neurons），從多個(gè)角度解析了三種最常用的單細(xì)胞基因組擴(kuò)增方法。經(jīng)過仔細(xì)的比較，MALBAC和genomeplex WGA4的方法在拷貝數(shù)變異檢測(cè)方面明顯優(yōu)于MDA的方法。

單細(xì)胞測(cè)序方法比較結(jié)果
單細(xì)胞的基因組擴(kuò)增方法在近年來發(fā)展非常迅速，在生物學(xué)的各個(gè)領(lǐng)域都有廣泛應(yīng)用，主要包括癌癥，植入前基因診斷，神經(jīng)，發(fā)育，免疫等領(lǐng)域。課題組從GC-偏好性，擴(kuò)增重復(fù)性，全基因組層面的擴(kuò)增均一性等多個(gè)方面系統(tǒng)地比較了三種最常用的單細(xì)胞全基因組擴(kuò)增方法（GenomePlex WGA4，MDA和MALBAC）。比較結(jié)果表明從MALBAC和WGA4方法獲得的單細(xì)胞的基因組測(cè)序的結(jié)果是高度可重復(fù)的，并具有較高的成功率。MALBAC方法在三種方法中重復(fù)性最好，但是對(duì)高GC含量基因組擴(kuò)增存在偏好。研究組通過開發(fā)生物信息學(xué)的方法，矯正MALBAC方法內(nèi)部的GC偏好性，發(fā)現(xiàn)該方法也可較準(zhǔn)確得分析拷貝數(shù)變異（CNV）。

單細(xì)胞測(cè)序方法應(yīng)用前景
此次研究的結(jié)果表明：在擴(kuò)增GC含量較高的物種時(shí)，可選用MALBAC方法來提高擴(kuò)增的效率。而WGA4方法擴(kuò)增均一性最好，重復(fù)性和對(duì)GC含量的偏好不明顯，在做拷貝數(shù)變異方面優(yōu)勢(shì)明顯。如利用WGA4方法，可以發(fā)現(xiàn)在其中一個(gè)神經(jīng)元細(xì)胞的8號(hào)染色體區(qū)域檢測(cè)到一個(gè)20.4M的刪除變異。MDA方法的操作最簡(jiǎn)單，但是擴(kuò)增比較隨機(jī)，對(duì)GC含量完全沒有偏好。這種方法在研究腫瘤SNP，尤其當(dāng)樣本量比較少的時(shí)候，當(dāng)屬不錯(cuò)的選擇，但是尤需注意，MDA方法不適合用于檢測(cè)拷貝數(shù)變異。