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2014 年12月17日，《自然》雜志發(fā)布2014中國出版指數(shù)。華大基因在《自然》及《科學(xué)》指數(shù)排名位列第五。報(bào)告中還發(fā)表專題文章評(píng)價(jià)深圳科研實(shí)力。文章稱，深圳從一個(gè)小漁村發(fā)展成為中國科技發(fā)展的奇跡，成為了基因組學(xué)，蛋白質(zhì)組學(xué)和生物信息分析領(lǐng)域的領(lǐng)頭羊。其中總部位于深圳的華大基因，數(shù)據(jù)產(chǎn)出占全球50%。2013年，華大基因成功收購了Complete Genomics公司，進(jìn)一步鞏固了其在基因組學(xué)領(lǐng)域的領(lǐng)導(dǎo)地位。而華大基因的成功只是深圳改革歷程的一個(gè)方面。

文章指出，2011年，深圳發(fā)布了第十二個(gè)五年計(jì)劃，以支持六大戰(zhàn)略新型行業(yè)的研究和創(chuàng)新：生物技術(shù)，互聯(lián)網(wǎng)，新能源，高新材料，文化創(chuàng)意和信息技術(shù)。該計(jì)劃的目標(biāo)是到2015年，六大產(chǎn)業(yè)的總產(chǎn)值達(dá)490億美元，即相當(dāng)于深圳GDP的20%。

目前，生命科學(xué)仍是深圳的研究優(yōu)勢(shì)，華大基因是該領(lǐng)域貢獻(xiàn)最大的機(jī)構(gòu)。華大基因共發(fā)表了51篇自然指數(shù)文章，占了深圳"加權(quán)分值計(jì)數(shù)法"指數(shù)（簡稱WFC）的44%。其中發(fā)表在《自然》和《科學(xué)》雜志上的七篇文章已占了產(chǎn)出的12%。是中國科研機(jī)構(gòu)中，《自然》和《科學(xué)》文章在WFC指數(shù)占比排名第二高的機(jī)構(gòu)，第一為中科院古脊椎動(dòng)物和古人類研究所。